起源如下:

1.出自子姓。起源于宋穆公，商纣王的侄子微子启被封在宋国（今河南商丘），他的后代中有宋穆公，其支孙以谥号为姓，即穆姓。

2.出自姬姓。周武王灭商后，封其弟周公旦于鲁，鲁国的后代中有以谥号命名的穆姓。

3.外族基因流入。包括汉晋时期西域的穆氏、南北朝北魏时期的丘穆陵氏、唐宋时期犹太人的后裔，以及明清时期的蒙古人姓木斯臣氏、篾儿乞德氏、奥矣毛都氏等，均改姓为穆。