淡水专用机和海水专用机的主要区别在于它们的设计和材料选择。淡水专用机主要用于处理淡水，如河水、湖水、井水等，其内部材料通常采用耐腐蚀性较好的不锈钢或塑料。

而海水专用机则主要用于处理海水，其内部材料需要具有更强的耐腐蚀性，通常采用钛合金或特殊涂层的金属。此外，两者在处理工艺上也有所不同，以适应不同水质的特点。